La UNACAD nació como un instituto técnico en el año 1991 con dos carreras a nivel técnico medio: Operaciones Aduaneras y Administración de Aduanas. En el año 1997, se abrió el campus Somoto, en el departamento de Madríz. En 1999 el campus de Chinandega y en el año 2000 el campus de Rivas. En el mes de Julio del año 2005 se inauguró el campus de Bluefields en la Costa Atlántica.
La UNACAD tiene convenios con universidades nacionales como internacionales y sus estudiantes hacen prácticas en todas las aduanas de Centroamérica y Panamá. Anualmente se programa un viaje por países de Centroamérica para visitar aduanas y universidades hermanas.
En el Campus Central Managua, la universidad ofrece cursos para especializar al personal de las empresas en servicio y a profesionales graduados en otras carreras.
